人工合成胰岛素的另一关键科学问题是“能否有机合成长度达21个氨基酸的A肽链和长度达30个氨基酸的B肽链”？

当时国际上最长只能合成13个氨基酸残基的多肽链。

生化所在1959-1960年间已将胰岛素B链的所有30个氨基酸分别连接成了各种合成肽，最长已达到10个氨基酸的长度。

部分领导和科技人员认为，“胰岛素合成的关键问题已经解决，只余下堆肽的技术活了”。再加上当时国家政治性因素的推波助澜，人工合成胰岛素在多个单位一哄而上。1960年5月上海分院也曾成立“601指挥部”组织协调生化所、有机所等多个研究单位共300多人进行人工合成胰岛素的“大兵团作战”。

实际上有机合成胰岛素的A、B肽链涉及大量的实验设计，非简单堆肽可成。

几个月“大兵团作战”的规模性探索，最终没能合成出胰岛素的A、B肽链。

生化所王应睐所长于1960年向中科院建言，集中精干专业队伍推进人工合成胰岛素工作，得到国家和中科院领导的全力支持。

中科院领导张劲夫、杜润生等接受建议，决定终止“大兵团作战”，留下生化所和有机所继续合作。其后，1961年中科院上海分院领导王仲良在科学总结经验教训中强调，要尊重科学规律，坚持不懈继续推进人工合成胰岛素工作。同年，聂荣臻副总理到生化所视察，表态“你们做，再大的责任我们承担，人工合成胰岛素100年也要搞下去”。

生化所于1961年组织近20人的精干专业队伍，继续胰岛素的B肽链合成和提高胰岛素拆合水平。

有机所汪猷和北京大学邢其毅等带领专业队伍，也在坚持胰岛素的肽链合成工作。

在有机合成胰岛素肽链的实验中，从制备保护基和缩合剂及其性能分析、建立氨基酸和肽段的缩合方法，到不同氨基酸的特异性保护、不同肽段的缩合方式和缩合方向，同样涉及大量的实验设计。

经过无数次的实验设计，经验不断累积，胰岛素A、B肽链有机合成技术路线更加趋向成熟，包括实现了不同层次的保护基既稳定又可全部去除、C端到N端的整肽链定向缩合、避免消旋的缩合等配套技术方法。