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[文汇客户端]里程碑式的发现!上海科学家破解核糖体RNA“超级工厂”新机制,有望重新定义教科书上的“小黑点”

来源: 时间:2023-03-09

  中国科学院分子细胞卓越创新中心的陈玲玲研究组在长非编码RNA领域又有了重磅发现。3月9日凌晨,国际著名学术期刊《自然》杂志发表了该研究组关于核糖体RNA“超级工厂”运行新机制的论文。

  至此,回国近12年的陈玲玲,实现《自然》《科学》《细胞》发文大满贯。然而,在她看来,发论文并不是目的,把研究做完整才最重要。此次发表的成果就先后经历了几位博士生的接力奋斗,才最终成为审稿人眼中“里程碑式的发现”。

  核糖体RNA合成,“剪标”竟如此重要

  在高中教科书的插图上,细胞核只是细胞中黑乎乎的一团,其上的小黑点就是核仁。

  深入核仁内部,这种直径只有0.5-5微米的小球,其实是一座“超级工厂”。在这里,一个个被致密纤维组分(DFC)包裹着纤维中心(FC),形成诸多“小车间”,一条条长链状的新生核糖体RNA,就从这里生成。在蛋白质的协助下,这些新生的核糖体RNA被运入统一“包装站”——同一颗粒组分(GC)区域,完成核糖体组装。

  这一系列功能复杂而重要,一旦出现问题,重则生命夭折,轻则罹患各种罕见病,如脑白质病、鸟面综合征等。

  核仁如此重要,但这个“超级工厂”是如何将自己复杂的结构协同起来一起发挥作用,由内向外加工新生核糖体RNA和组装核糖体的呢?围绕这一科学问题,陈玲玲从研究组成立后不久,就开始了钻研与攻关。

  经过不懈努力,研究组发现,原来“小车间”外还被一层球状区域包裹着。这里被称为“致密纤维成分外侧区域(PDFC)”,是“小车间”的监测站——所有新生的核糖体长链通过这里的“质检”合格后,会被去除长链末端。

  “有点像‘剪标’,这一步对核糖体RNA的成熟、核糖体的组装都至关重要。”论文第一作者、陈玲玲研究组博士生单琳介绍,URB1蛋白是监测站上的“哨兵”,只有“剪标”的核糖体RNA才可放行,“如果URB1消失,未被‘剪标’的核糖体RNA涌入‘包装区’,就会引起一片混乱”。

  在动物实验中,缺失了URB1蛋白质的斑马鱼会产生头面部发育的畸形,无法成活。而URB1蛋白质缺失的小鼠胚胎则无法着床,引发早期死亡。

  无心插柳,在老领域中获得新发现

  作为哺乳动物细胞核中最大无膜聚集体,核仁的主要功能早在上世纪60年代就已被发现,主要的功能区域也早被解析,为何核仁内部蛋白质精确定位和功能的奥秘,一直未被解开?

  “当一个领域沿着既有轨道前行,外来介入往往会带来意外惊喜。”陈玲玲说,她的主要研究领域是长链非编码RNA,“核仁是这种分子的‘加工厂’,我们不得不弄清它的工作机制”。

  于是,在建立研究组不久,陈玲玲就在核仁研究中投入力量,十年间共有好几位学生不断努力着,先后在各类期刊上发表了多篇论文。

  2017年,以实习生身份刚进入实验室的单琳,接手了这一课题。当时,师兄邢宇航刚在《细胞》上发表了一篇论文,但研究仍“未完待续”。她的任务就是啃下两块“硬骨头”——上百个核仁蛋白质如何精准定位?这种精细分区定位的核仁蛋白质如何助力核糖体RNA辐射状加工转运?

  一上手就要克隆200多个蛋白质,工作量着实惊人。不过,在导师陈玲玲的指导下,在许光和姚润文两位在核仁研究方面更有经验的师兄帮助下,单琳咬牙挺过了很多困难,包括毕业发论文的压力、掌控一个如此庞大的课题。最终,她完成了这项“将在未来有助于重新定义该领域”的工作。

  多扶持、少关注,让年轻人静心研究

  就在昨天一早论文上线后,陈玲玲送了百合花给单琳:“希望你像百合一样有静静的幽香,安安静静踏踏实实把科研做得更好。”

  今年6月毕业后,单琳将成为研究组的一名青年研究者。“现在,国家和上海市都对青年科研人员寄予厚望,也给予不少扶持。”陈玲玲说,“我希望多一些扶持、少一些关注,让他们能静下心来潜心投入研究,才能让年轻人多出成绩、尽快成长”。

  在第一次看见黑洞照片时,陈玲玲惊讶于那个温暖的橙色“甜甜圈”,竟与核仁“小车间”的外观如此相似,“400亿公里的宏观宇宙与几微米的微观世界,科学家都在努力看清更多细节。”

  确实,谁能想到,几十年前生物教科书上的那个黑点中,竟蕴藏着这么多未知的世界?陈玲玲相信,围绕核仁的科学故事,还将不断续写。“未来,RNA研究范式将向着超高分辨、实时动态、在体原位的方向演进。”她认为,最重要的是围绕科学问题,把科研做完整,“论文发表在哪里,并不重要,重要的是沉下心来,聚焦解决一件事情”。

  原载于文汇客户端 2023年3月9日

  作者:许琦敏

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