2014年毕业于清华大学，获化学生物学学士学位和计算机科学辅修学位;2014年9月至2020年1月先后就读于美国麻省理工学院和斯坦福大学，获化学生物学博士学位;2020年2月至2022年12月，获得Damon Runyon Foundation Fellowship，于美国斯坦福大学干细胞与再生医学研究所从事博士后研究;2023年1月起任中科院分子细胞科学卓越创新中心(生物化学与细胞生物学研究所)研究员，研究组长，博士生导师

受自然启发的生物大分子标记技术

自然界中多种生物化学反应都涉及高度不稳定且具有混杂反应活性的瞬时中间体。这类反应能够以空间精准且不受底物分子身份限制的方式，对周围分子进行模块化标记。通过挖掘大自然中的反应体系，我们融合化学合成、蛋白质工程、人工智能分子设计，在哺乳动物细胞内重构这些独特的反应活性。我们的研究聚焦两大方向：发展用于科学发现的研究工具，开发用于功能调控的治疗技术。

1.基于分子标记的多维组学工具
我们设计可基因编码的标记酶，用于高时空分辨的化学编码和系统绘制活细胞中的信号网络。通过将该分子标记工具包与时空蛋白质组学、转录组学等技术联用，能够助力发现活细胞内的新型功能分子。我们还将数据集与大型语言模型整合，构建具备预测功能的虚拟细胞。（代表性工作：Cell 2019，Cell 2020）

2.基于分子标记的功能调控技术
我们利用生物活性底物的混杂性标记特性，实现在体的生物大分子的功能性化学编辑，从而精确调控细胞间相互作用并重编程细胞信号转导网络。利用这些多样化反应的潜力，有望催生治疗癌症、自身免疫性疾病、组织再生和细胞衰老的新型疗法。（代表性工作：Nature 2025）

1. Shuojun Li†, Yinghui Men†, Zihan Wang†, Yingcheng Wu†, Hao Sun, Mingyang Yin, Xinrui Fan, Guiyun Deng, Zhicheng Yang, Tiange Yang, Yudian Xiao, Hu Zhou, Guangchuan Wang, Jia Fan, Chenqi Xu, Qiang Gao*, and Shuo Han*. Amplifying antigen-induced cellular responses with proximity labelling. Nature 2025.
2. Chuanyun Xu, Zhuoran Li, Cheng Lyu, Yixin Hu, Colleen N. McLaughlin, Kenneth Kin Lam Wong, Qijing Xie, David J. Luginbuhl, Hongjie Li, Namrata D. Udeshi, Tanya Svinkina, D. R. Mani, Shuo Han, Tongchao Li, Yang Li, Ricardo Guajardo, Alice Y. Ting, Steven A. Carr, Jiefu Li*, Liqun Luo*. Molecular and cellular mechanisms of teneurin signaling in synaptic partner matching. Cell 2024, 187, 5081-5101.
3. Shuo Han†, Boxuan S. Zhao†, Samuel A. Myers, Steven A. Carr, Chuan He, and Alice Y. Ting. RNA-protein interaction mapping via MS2- or Cas13-based APEX targeting. PNAS 2020, 117, 22068-22079.
4. Jiefu Li†, Shuo Han†, Hongjie Li, Namrata D. Udeshi, Tanya Svinkina, D. R. Mani, Chuanyun Xu, Ricardo Guajardo, Qijing Xie, Tongchao Li, David J. Luginbuhl, Bing Wu, Colleen N. McLaughlin, Anthony Xie, Pornchai Kaewsapsak, Stephen R. Quake, Steven A. Carr, Alice Y. Ting*, and Liqun Luo*. Cell-surface proteomic profiling in the fly brain uncovers wiring regulators. Cell 2020, 180, 373-386.
5. Yunxiao Zhang, Wan-Jin Lu, David P. Bulkley, Jiahao Liang, Arthur Ralko, Shuo Han, Kelsey J. Roberts, Anping Li, Wonhwa Cho, Yifan Cheng, Aashish Manglik, and Philip A. Beachy. Hedgehog pathway activation through nanobody-mediated conformational blockade of the Patched sterol conduit. PNAS 2020, 117, 28838-28846.
6. Furqan Fazal†, Shuo Han†, Kevin R. Parker, Pornchai Kaewsapsak, Jin Xu, Alistair N. Boettiger, Howard Y. Chang*, and Alice Y. Ting*. Atlas of subcellular RNA localization revealed by APEX-seq. Cell 2019, 178, 473-490.
7. Shuo Han†, Jiefu Li†, and Alice Y. Ting. Proximity labeling: spatially resolved proteomic mapping for neurobiology. Curr. Opin. Neurobiol. 2018, 50, 17-23.
8. Shuo Han, Namrata D. Udeshi, Thomas J. Deerinck, Tanya Svinkina, Mark H. Ellisman, Steven A. Carr, and Alice Y. Ting. Proximity biotinylation as a method for mapping proteins associated with mtDNA in living cells. Cell Chem. Biol. 2017, 24, 404-414.
9. Omar O. Abudayyeh†, Jonathan S. Gootenberg†, Patrick Essletzbichler, Shuo Han, Julia Joung, Joseph J. Belanto, Vanessa Verdine, David B. T. Cox, Max J. Kellner, Aviv Regev, Eric S. Lander, Daniel F. Voytas, Alice Y. Ting, and Feng Zhang. RNA targeting with CRISPR-Cas13. Nature 2017, 550, 280-284.